除此之外，PEAKS 5.3 还增加了杰出的的蛋白质鉴定搜索功能。PEAKS 独特的搜索引擎以极低的误报率出具增强的肽段覆盖率，显著提高数据库检索过程中的肽段识别准确度和灵敏度。PEAKS 5.3 特别突出报告那些只能由未知序列解序发现的 “de novo only”潜在肽段。而且，软件附带的“结果验证”功能可通过设定误报率（FDR）阈值，只允许保留高置信度的肽段鉴定结果。

PEAKS 5.3改进的搜索合成功能，可同时显示其他搜索引擎（如MascotTM, SequestTM, X!Tandem, etc）对同一肽段的鉴定结果，便于取舍。相比任何其他依靠手动“筛选阈值”输入的、功能单一的搜索引擎，启用 PEAKS 的 inChorus 自动筛选功能，所报告的序列匹配率准确性将显著提高。比如在2011年春天，由国际知名的美国生物与资源联合会（ABRF）组织的 iPRG 官方比对测试结果显示，人们通常对他们的结果过于乐观（即低估了误报率）。而使用 PEAKS 的研究人员，报告了相当高的肽段识别率，和非常低的误报率（FDR）。比对实验室各自使用了不同的蛋白质组学质谱软件，来处理 iPRG 统一提供的同一份 ETD 质谱数据。全球35家实验室递交了肽段鉴定结果。

应用 PEAKS 5.3，还可加速处理以各种蛋白定量方式（如无标记、ICAT, ICPL, ITRAQ, SILAC, O18, TMT等方法）获取的数据。

无论是研究未测序生物体、测序合成肽段、或分析未知蛋白组，PEAKS 均能更快地处理更多的质谱数据，更容易根据应用方向选则数据处理方式。即使初学者也能在几分钟内获取高准确度、高灵敏度和高置信度的蛋白分析结果。

创新点：

PEAKS 5.3 是蛋白质鉴定搜索引擎和 de novo 未知序列解序的完美组合。其主要创新点如下：

（1）   数据库检索具有前所未有的准确度和灵敏度，肽段鉴定率高，误报率低

（2）  综合结果可视化，便于对结果的严格审查（如假目标误报率target-decoy FDR计算是否可信，或仪器是否已校正），而检查程序却无比简单

（3）内置“结果验证功能”

（4）增强的结果报告格式转换、显示和过滤功能

（5）对未知序列自动加注标签

（6）改进的搜索合成功能，显示其他搜索引擎（如MascotTM, SequestTM, X!Tandem, etc）对同一肽段的鉴定结果，便于取舍

（7）热地图显示定量结果，按量的变化规律自动将蛋白质归类，以提高对某类型蛋白质的快速识别和鉴定

（8）热地图显示 LC-MS 数据，突出肽段位置

（9）  -10lgP 统计学肽段计分法，比普通的 P-value 计分法严密十倍